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str鑒定結(jié)果的數(shù)據(jù)要怎么看？
來源：Pricella 瀏覽量： 發(fā)布時間：2023-04-25 15:08:54
STR（Short Tandem Repeat，短串聯(lián)重復(fù)序列）基因位點由長度為3-7個堿基對的短串連重復(fù)序列組成，這些重復(fù)序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態(tài)性標(biāo)記，被稱為細(xì)胞的DNA指紋，其可通過PCR（聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)）來檢測。
STR基因座上的等位基因可通過擴增區(qū)域內(nèi)重復(fù)序列的拷貝數(shù)的不同來區(qū)分，在毛細(xì)管電泳分離之后可通過熒光檢測來識別。隨后通過一定的計算方法，即可根據(jù)所得的STR分型結(jié)果與專業(yè)的細(xì)胞STR數(shù)據(jù)庫做比對，從而推算出樣品所屬的細(xì)胞系或可能存在的交叉污染的細(xì)胞系名稱。
STR分型圖譜
根據(jù)實際PCR擴增后檢測到的片段長度和分型信息，會得到該細(xì)胞STR檢測結(jié)果的峰圖。一般而言，人源細(xì)胞或小鼠細(xì)胞STR圖譜上，一個基因位點只會出現(xiàn)1個或2個峰，即純合和雜合。一個基因位點出現(xiàn)3個及以上峰稱為多等位基因，當(dāng)結(jié)果中出現(xiàn)大于或等于3個多等位基因提示可能存在同源物種交叉污染；存在1-2個多等位基因可能源于細(xì)胞變異,不視為污染。但要注意也可能是三倍體等多倍體突變現(xiàn)象。
圖1. 該人源細(xì)胞分型結(jié)果良好，無人源細(xì)胞交叉污染。其20個位點全部出單(純合)或雙峰(雜合)
STR位點信息
根據(jù)鑒定得到的細(xì)胞STR位點信息可在ExPASy細(xì)胞數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行比對，數(shù)據(jù)來源包括ATCC，DSMZ，JCRB 等細(xì)胞庫以及文獻(xiàn)和資料記載。
在檢測結(jié)果有效的前提下，將受檢細(xì)胞系的STR位點的基因分型數(shù)據(jù)與其對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)STR 基因分型數(shù)據(jù)進(jìn)行比對，其匹配度與鑒定結(jié)果關(guān)系如下：
| 匹配度 | 鑒定結(jié)果 |
|---|---|
| ≥80% | 為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系或為標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系的衍生細(xì)胞系 |
| 55%-80% | 結(jié)合細(xì)胞系形態(tài)、細(xì)胞系特異性標(biāo)記物等做輔助分析并進(jìn)行綜合判斷 |
| ≤55% | 與其對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)細(xì)胞系不相關(guān) |
細(xì)胞種屬鑒定
若需解決人及部分小鼠以外種屬細(xì)胞無法采用STR鑒定進(jìn)行檢測的問題，以及種屬間細(xì)胞交叉污染的問題，可采用細(xì)胞種屬鑒定方法。通過提取細(xì)胞DNA，用種屬熒光復(fù)合引物MIX對動物線粒體COI基因進(jìn)行擴增，然后用遺傳分析儀對擴增產(chǎn)物進(jìn)行毛細(xì)管電泳檢測和分析的方法，快速準(zhǔn)確地判斷檢測細(xì)胞的種屬以及是否存在不同種屬的交叉污染。
這種方法主要通過對應(yīng)位置出峰來判斷是否為該種屬。需要注意的是，10-18S位點必須出峰，若未出峰，則表明擴增失敗。若細(xì)胞出現(xiàn)多峰，則表明該細(xì)胞存在交叉污染。
圖2. 擴增結(jié)果顯示為豬細(xì)胞，且無其他種屬細(xì)胞交叉污染
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